OpenOnco
Новини проєкту
Нотатки до релізів, віхи бази знань і рішення governance. Кожен допис відкритий для коментарів.
Новини
25 дописівЧому TMB ≥10 мутацій/Мб — не універсальна біологічна межа
Пухлинно-незалежне показання FDA для пембролізумабу за високого TMB використовувало конкретний тест і правило підрахунку. Той самий числовий поріг не можна просто переносити на кожну панель секвенування чи тип пухлини.
Як «загально необхідний» ген може приховувати вибіркову вразливість
Втрата MTAP може зробити ракові клітини чутливішими до інгібування PRMT5, хоча PRMT5 широко необхідний клітинам, що проліферують. Це історія про те, як тип генетичного скринінгу може приховати сигнал біомаркера.
Та сама клітинна лінія раку може стати різними експериментами
Лабораторні версії широко вживаної лінії раку молочної залози MCF7 відрізнялися генетично й за відповіддю на препарати. Це нагадує, що назва клітинної лінії — не повний опис експерименту.
DRUP: basket-дослідження не робить усі біомаркери однаково сильними
Когорти нідерландської програми DRUP дали дуже різні результати. Цей контраст не доводить, що рівні actionability неважливі; пізніший власний аналіз програми показує, що кращим мішеням відповідали сильне біологічне та попереднє клінічне обґрунтування.
Precision oncology: що насправді показали відомі «перевірки реальністю»
SHIVA та NCI-MATCH не показали, що вся терапія за біомаркером не працює. Вони показали, наскільки стрімкий шлях від секвенування до лікування і як поєднання зі слабкими доказами в пізніх лініях часто дають менше, ніж очікується.
Статистично значуще — не автоматично клінічно важливе
ESMO-MCBS оцінює розмір користі в дослідженнях, які вже статистично позитивні. Її мета — відрізнити невеликий формальний ефект від ефекту, що ймовірно має значення для пацієнтів.
Що насправді означають оцінки ESMO D та E
Оцінки ESMO D та E означають дані проти ефективності або дані про несприятливий наслідок. Вони не означають просто відсутність доказів: для цього існує оцінка C.
Чому настанова може містити схему раніше за звіт фази 3
У дослідженні нових схем при мієломі внесення до NCCN часто передувало оприлюдненню даних фази 3. Це опис історії однієї настанови, а не доказ, що настанови систематично випереджають регуляторів або що всі ранні внесення однаково підкріплені.
Хто може попросити NCCN змінити настанову?
NCCN приймає запити на зміну настанов від клініцистів, пацієнтських адвокатів, організацій, платників та індустрії. Процес має спільну форму й чіткі строки, але не гарантує, що кожен запит дійде до голосування.
Раки, що передаються між тваринами
Кілька раків у тварин існують як клональні лінії, здатні переходити між господарями. Найдавніший відомий приклад у собак існує тисячі, а не одинадцять тисяч років. Це не природно поширюваний рак людини.
Чи можуть стійкі до лікування клітини тимчасово ставати більш мутабельними?
У моделях колоректального раку невелика популяція клітин, що виживає під час таргетного лікування, тимчасово змінювала програми ремонту ДНК. Це цікава гіпотеза механізму, але її внесок у резистентність у пацієнтів ще не встановлено.
Коли хромосома руйнується за одну подію
Хромотрипсис — добре встановлений патерн катастрофічних перебудов хромосом. «Геномний хаос» — ширше й менш стандартне тлумачення таких криз, а не синонім і не доведена стратегія виживання.
Чи повертається рак до одноклітинного минулого?
Деякі пухлини сильніше експресують давніші еволюційні генні програми й слабше — програми багатоклітинності. Це реальне спостереження, але пояснення через «атавізм» лишається дискусійною гіпотезою.
Здорова шкіра вже повна «ракових» мутацій
Секвенування фізіологічно нормальної шкіри повік виявило драйверні мутації — ті самі, що й у пухлинах, — приблизно у чверті клітин, близько 140 на квадратний сантиметр. Шкіра працювала нормально. Сама лише драйверна мутація ще не робить рак.
Що насправді означає категорія 2A у NCCN
2A часто читають як «слабкі докази, слабка рекомендація». Це не так. Узгодженість панелі за 2A така сама, як за категорією 1, — а ще 2A діє за замовчуванням, коли категорію взагалі не вказано.
Цей розділ новий, і він відкритий для коментарів
Нотатки до релізів і рішення governance тепер мають місце на сайті, а не живуть лише в повідомленнях комітів. Кожен допис приймає коментарі — з кількома правилами, які справді потрібні сайту про онкологію.
Виправлено дефекти маршрутизації в деревах рішень, посилено валідатор
Аудит усіх алгоритмів лікування через engine walker, а не через лоадер, виявив дефекти маршрутизації, через які обрані індикації мовчки зникали зі згенерованих планів.
Двоє дверей — і чому пацієнти заходять в інші
Головна сторінка тепер веде лікарів і пацієнтів у різні місця. Пацієнти отримують допомогу в розумінні плану й підготовці запитань, а не рекомендації щодо лікування — ця межа має триматися і з міркувань безпеки, і з регуляторних.
AI-асистент тепер може викликати engine замість того, щоб вгадувати
OpenOnco отримав MCP-сервер: асистент, який відповідає на онкологічне питання, може звернутися до rule engine і повернути відповідь із джерелами, а не імпровізувати схему лікування.
Плани профілактики — для тих, хто ще не має раку
Статут доповнено, щоб охопити людей із підвищеним ризиком, але без діагнозу. Engine тепер будує План профілактики поряд із Планом лікування, а перші пілоти вже доступні на сайті.
85% умов у деревах рішень engine не міг прочитати
Аудит усіх алгоритмів лікування показав, що більшість умов розгалуження написані англійською прозою, яку engine не вміє обчислювати, — і що через це 30% алгоритмів на кожному пацієнті провалювалися до значення за замовчуванням.
Що зʼявилося в базі знань з 30 квітня до 11 травня
Дайджест одного насиченого двотижня: хвилі схем лікування в гематології, торакальній онкології та раку грудної залози, red flags для рідкісних пухлин, доповнення actionability з CIViC і пакет виправлень маршрутизації.
Actionability біомаркерів переходить з OncoKB на CIViC
Аудит ліцензій показав, що умови OncoKB несумісні з роботою OpenOnco як безкоштовного публічного ресурсу. Actionability біомаркерів тепер спирається на CIViC із ліцензією CC0.
Чому лікування обирає не LLM
Проєкт починався з того, що мовна модель ранжувала варіанти лікування. Той підхід тепер в архіві, а правило, що прийшло на заміну, визначає все інше: рекомендації дає версіонована база знань, а не модель.
Практикуючі онкологи вперше перевірили плани, згенеровані engine
Engine побудував плани лікування для реального пацієнта, і онкологи, які їх прочитали, оцінили їх як сильні. Один випадок не валідує систему — але це перший сигнал ззовні, а не з власної системи оцінювання проєкту.