Kyky
Julistava sääntö moottori onkologian suosituksiin. JSON profiili... Suunnitelma Kun kaksi vaihtoehtoista rataa (standardi + aggressiivinen) on pois päältä, jokainen korvausvaatimus lähteeseensä viittaavalla merkinnällä.
Kliininen sisältö on informaation lähde; tekniset tarkastukset eivät ole hoidon hyväksyntää.
Yksi JSON-profiili → kaksi hoitosuunnitelmaaJokainen väite on mainittu.
Ei LLM:tä kliinisessä päätöksessä, ei palvelinta. Potilas JSON pysyy koneessa. Profiileittainen käsittely: 50-200 ms.
# example: DLBCL disease: DLBCL-NOS line_of_therapy: 1L biomarkers: CD79B_mut: true MYC_rearr: false COO: ABC findings: ipi: 3 ecog: 1 ldh_ratio: 1.8
- Ratkaise algoritmi
- Litteät löydökset
- Eval 671 RedFlags
- Kävelypäätöspuu
- Aineellista raitoja
- Ratkaise hoito-ohjelmat
revise_plan() Päivittää suositusta uusien biomerkkien tai havaintojen saapuessa.Mitä tietopohjassa on
Tämä on luettelo julkaistuista asiakirjoista, ei kliinisen täydellisyyden mitta. Taudin peitto ja varmistustila esitetään erikseen alla olevassa matriisissa.
Sairaudet, joissa on oma jäsennelty rekisteri.
MDT:n roolit olivat edustettuina reitityksessä.
Strukturoidut hoito-ohjelmat, ei automaattiset lääkemääräykset.
Huumetiedot, joissa on koneluettava konteksti.
Diagnostiset ja molekyylitestit olivat edustettuina KB:ssä.
Rakenteelliset työvälineet.
Signaalit, jotka vaativat lääkäriltä toisen katseen.
Kanteen yhteydessä olevat lähdetiedot.
Kattavuusmatriisi
/diseases.html - tautitaulukko: biomerkkien ja lääkkeiden määrä / käyttöaiheet / punaiset liput, 1L+2L tarkastusmerkit, täytä% ja varmista%. Ryhmittymä lymfoidi + myeloidinen hematologia ja kiinteät kasvaimet.
/disease_coverage.json.
→ Näytä matriisia
/gallery.html — 448 public examples.
Each contains a full Plan, Diagnostic Brief, or molecular scenario with source links.
Internal QA profiles do not appear in the user-facing library.
→ Näytä esimerkkejä
6-vaiheinen pyynnön käsittely
The clinician feeds the engine a JSON profile. The engine runs 6 sequential stages and returns a Plan with ≥2 tracks (CHARTER §15.2 C6 — alternative never hidden).
disease.id + line_of_therapy + disease_state → Algoritmiyhteisö.any_of/all_of/none_of kynnysten kanssa).CiviC-toimintakyky
Actionability data used to come from OncoKB — but their ToS blocked non-commercial public derivatives (conflict with CHARTER §2). We migrated to CIViC (CC0) Moottorissa lukee paikallinen yöllinen YaML-kuva (knowledge_base/hosted/civic/<date>/) – deterministinen + offline. Fuusiotietoinen sovittelija käsittelee sekä pistemutaatioita (BRAF V600E) että fuusioita (BCR: ABL1). Render: ESCAT-taso – ensisijainen näyttötaso CIViC-näytössä – yksityiskohtaisesti. Kuukausittainen päivittyvä CI avaa PR:n, jossa on eroavaisuuksia.
Monivaiheiset hoidot
Regimen.phases on tilattu lista nimetyistä lohkoista (induktio → konsolidaatio → ylläpito), joissa jokaisessa on oma sykliaikataulunsa ja siirtymän laukaisija. Reaalimaailman protokollat (R-CHOP × 6 → huolto, AML 7+3 → HiDAC-konsolidointi, aksi-cel-infuusio).
bridging_options — bridging regimens between phases (for CAR-T). Legacy single-phase YAMLs auto-wrap into one-phase form via auto_wrap_legacy_components().
Kiinnityssuoja – 3 kerrosta
Kolmikerroksinen tarkastusjärjestelmä – kolme paikkaa, joissa saamme saaliiksi perusteettomia vaateita:
| Taso | Missä | Mitä? |
|---|---|---|
| L1 · Ladaaja | YAML-kuorma (Pydantic) | SRC-* referential integrity. Unknown SRC-ID → load fail. |
| L2 · Todentaja | Osallistuja PR (CI) | Kolmikerroksinen pohja: lähde on olemassa, fraasi maadoitettu, ankkuri lohkossa. |
| L3 · Render | HTML- ulostulo | Ei viittausta → varoitin (lenient) tai ohita solua (strict_citation_guard=True). |
Kolme tapaa juosta
python -m knowledge_base.engine.cli --patient profile.json --render plan.html- Pois päältä.
Python WAM + mikropip + moottoripaketti (~2,4 MB). Ensin 8-15 s, sitten kuin paikallinen CLI. Palvelutyöntekijä offline-verkossa.
from knowledge_base.engine import generate_plan, revise_plan — EHR / CSV / batch testing. Stateless, deterministic.
Mitä moottori lukee profiilista
Vain strukturoidut kentät, joissa on selkeä semantiikka. Tuntemattomat kentätkin jätetään huomiotta – ei piilotettuja vaikutuksia.
| Luokka | Kenttä | Miten sitä käytetään |
|---|---|---|
| Tauti (saapumispaikka) | disease.id · icd_o_3_morphology · line_of_therapy · disease_state |
Määrittää, mikä algoritmi ajetaan |
| Diagnoositila | suspicion.lineage_hint · tissue_locations · presentation |
Aktivoi DiagnosticPlanin Planin sijaan |
| Väestönkehitys | age · ecog · fit_for_transplant · decompensated_cirrhosis · pregnancy_status |
suodatin päälle Indication.applicable_to.demographic_constraints |
| Biomerkkiaineet | mitä tahansa BIO-X KB:stä: BIO-CLL-HIGH-RISK-GENETICS, BIO-HCV-RNA, … |
laukaise RedFlags, suodatinmerkit, kartta CiviC:hen |
| Havainnot | Sadat strukturoidut kentät – dominant_nodal_mass_cm, ldh_ratio_to_uln, tp53_mutation, … |
RedFlagin laukaisimissa kynnykset |
| Ennakkotestit | prior_tests_completed: [TEST-IDs] |
excludes already-completed tests from workup_steps |
Mikä moottori palaa – suunnitelma
| Kenttä | Sisällys |
|---|---|
tracks[] | ≥2 alternative tracks (default first): indication + regimen (+ phases) + monitoring + supportive_care + contraindications |
access_matrix | Raidetta kohti laskettu aggregaatti: rekisteröinnit, korvaus, kustannusluokat, AccessPathway. Viivytysvaroitus > 180 päivää. |
experimental_options | kolmas rata enumerate_experimental_options() Kysymyksiä ClinicalTrials.gov v2. 7 päivän TTL-välimuisti. |
actionability_hits | CIViC matches with ESCAT-primary + variant, evidence rating, clinical significance, source citations |
fda_compliance | FDA Criterion 4 fields: intended_use, patient_population_match, algorithm_summary, automation_bias_warning |
trace | step-by-step walk_algorithm history: step / outcome / branch / fired_red_flags |
warnings | schema/ref errors, time_critical disqualifications, missing data hints, citation-guard warnings |
supersedes / superseded_by | saman potilaan suunnitelmien välissä versioketju |
Valinnainen käytössä: MDT-raportti — orchestrate_mdt() Lisää tarvittavat/suositellut/valinnaiset roolit 16 virtuaaliasiantuntijalta + avoimet kysymykset + lähtökaavio.
Suunnitelman päivitykset – revise_plan()
Kolme laillista siirtymää + yksi kielletty. Edellinen suunnitelma ei muutu – syvä kopio palautetaan superseded_by Set. Per Charter § 10.2, vanhat versiot pysyvät voimassa loputtomiin.
| From | Muutos | Siirtymäkausi | Tulos |
|---|---|---|---|
| DiagnosticPlan vN | epäily vain | diagnostiikka → diagoniikka | DiagnosticPlan v(N+1) |
| DiagnosticPlan vN | histologia varmistui | diagnostiikka → hoito (edistäminen) | Suunnitelma v1 |
| Suunnitelma vN | päivitys histologialla | hoito → hoito | Suunnitelma v (N+1) |
| Suunnitelma vN | histologia poistettu | ILAGAL – ValueError, CIRTER 15.2 C7 § | |
Plan.knowledge_base_state.algorithm_version tallentaa KB-version → sama syöttö + sama KB = sama ulostulo.
Avoimet kysymykset – moottori kieltäytyy tekemästä päätöstä ilman dataa
Äänettömän oletuksen sijaan moottori nimenomaisesti ilmoittaa, mitkä kentät puuttuvat ja mitkä testit tai raportit tarvitaan (MDT_ORCHESTRATOR_SPEC §3). Renderoitu Suunnitelmaan erillisenä osiona, ei koskaan piilotettuna.
| Koodi | Liitä | Moottorin lähettämät päästöt |
|---|---|---|
| Q1 | Histologiaa ei vahvistettu | «Vain ICD-O-3-koodin kanssa tuotettu korjaussuunnitelma; vahvista ensisijainen histologia ennen hoitoa» |
| Q2 | Vaihe puuttuu | Lugano/Ann Arbor -vaihe, jota tarvitaan luotettavan riskinjaon varmistamiseksi |
| Q3 | Rakenteenohjauslauseke epätäydellinen | «Sytogeneettinen paneeli epätäydellinen; suuri riskitilanne arvioitu osittainen tieto» |
| Q4 | Biomerkki puuttuu | «IGHV-mutaatiostatus + FISH del(17p) vaaditaan vahvistamaan 1L-suositus» |
| Q5 | Suorituskyvyn tila puuttuu | «Ecog, jota tarvitaan elinsiirtojen tukikelpoisuuden arviointiin'; palaa konservatiiviseen oletukseen |
| Q6 | Lääkettä ei korvata | «D-VRd: daratumumab not currently reimbursed; verify funding pathway» |
| DQ1-4 | Diagnoositila: kudos / sukulinja / esitystapa / hypoteesit puuttuvat | lowers workup match confidence; lineage_hint + tissue dominate |
Henkilökohtaisuudet – tarkoituksellinen
«Personalization» in OpenOnco is rule-based selection from a fixed catalog, not AI-generation. Deliberate architectural choice (CHARTER §8.3).
Ei potilaskohtaista annoslaskentaa
Regimen-myymälät vakioannos (bortezomib 1.3 mg/m²), not multiplied by patient BSA, not adjusted automatically for CrCl 30. By design — to avoid FDA device classification.
Ei vasteeseen mukautettuja syklien
Ryöstäjätapit total_cycles: 6 + 2 maintenance. Ei automaattisesti sovitettu vasteen avulla (PR vs. CR PET2:n jälkeen). revise_plan.
Genomic matching limited to CIViC
CiviC:n ulkopuolella (harvinainen, uusi versio) on varoitus "ei toimintatodisteita" ilman luovia tulkintoja.
SupportiveCare identtinen eri kohorteissa
PJP prophylaxis attached to D-VRd for everyone — the engine doesn't know alternatives (dapsone instead of bactrim). The clinician substitutes.
Ei kumulatiivisen myrkyllisyyden seurantaa
2L plan for a patient who got bortezomib in 1L with grade 2 neuropathy — the profile doesn't carry prior_treatment_history strukturoituna kenttänä; lääkäri tulkitsee sen manuaalisesti.
KIRJALLISUUSvaateet eivät muutu
Periaatteelliset arkkitehtoniset päätökset, jotka mahdollistavat FDA:n / kliinisen turvallisuuden.
LLM doesn't decide clinically
Vain LLM: pannulautanen, dokumentin luonnokset, uutto (ihmisten suorittamalla varmennus), käännös kliinisellä tarkistuksella. Not: hoito-ohjelman valinta, annokset, biomarkkerin tulkinta.
Ei histologiaa – ei suunnitelmaa
Hoitosuunnitelma vain, jos disease.id Muussa tapauksessa DiagnosticPlan-tila on vahvistettu. revise_plan hoito → diagnostiikka on kielletty.
Ei aikakriittistä
Ei tarkoitettu hätäonkologiaan (onkologisiin hätätilanteisiin). time_critical: true → ajokieltovaroitus.
Kaksiarvioijan yhdistäminen
Yksi ylläpitäjistä toimittaa päivityksiä automaattisella tarkastuksella ja lähteen jäljityksellä. Ulkoinen kliininen arviointi on valinnainen ja se kirjataan erikseen.
Automatisaation vastaiset hyökkäykset
Always ≥2 tracks side-by-side. Alternative is never buried, never «click to expand». The clinician sees a choice, not a directive.
Potilastiedot eivät koskaan takaisinostovaiheessa
patient_plans/ gitignored. Sivustolla näkyy vain synteettisiä esimerkkejä. Telemetria kielletty ilman nimenomaista suostumusta.
Älä koskaan luettele – mitä moottori ei koskaan tee
Piilota vaihtoehtoinen kappale
Molemmat suositukset näkyvät aina. UI:lla ei ole "laajennusta nähdä vaihtoehtoista" mallia.
Luo merkintä LLM:n kautta
Kaikki kuratoidusta KB:stä. Ei vastaavaa merkintää → varoitusta, ei «luovaa keksintöä».
Muutetaan annosta
Annokset tulevat NCCN/ESMO-standardista. Säätöjä tehdään vain erikseen. dose_modification_rules.
Tuomari "kumpi on parempi"
The algorithm picks a default but doesn't claim it's superior. The clinician has full autonomy — automation_bias_warning.
Tulkkauskuvaus
"Bulkyn tauti" saapuu jäsennellyksi kentäksi, ei kuva-analyysistä. Kuva-analyysi = laiteluokitus.
Kohoreiden täsmäytys
«N potilaat valitsivat X:n M-prosentin tapauksista» - vaatii itsepintaisen potilasrekisterin ja yksityisyyden tarkastelun. Ei vielä.
Nykyinen kattavuus – STUB-tilanne ja aukot
| Luokka | State | Merkitys |
|---|---|---|
| Sairaudet, joissa on täysi ketju | 86 / 103 | Loput on osittain mallinnettu |
| Käyttöaiheet 1L | 265 | Ensimmäinen rivi kaikille 103 taudille |
| Käyttöaiheet 2L+ | 175 | 34 heme + 21 kiinteää. Muut kiinteät 2L+ osittain. |
| Lasten onkologia | 0 | MVP:n soveltamisalan ulkopuolella – erillinen rata |
| Sädehoito | osittainen | RT monimuotoilmoitusten käyttö; ei mallinnettu itsenäiseksi kokonaisuudeksi |
| Leikkaus | ei mallinnettu | Leikkaus onkologian tms. |
| Formulatiiviset elävät rehut | staattinen lippu | Kovennettu hoitoihin, ei automaattiohjattu |
| Ulkoinen kliininen katsaus | Valinnainen | Äänitetty erikseen, ei kehitys- tai julkaisuporttia. |
| Elävän aukon kojelauta | → linkki | Rakentaminen (kirjautuminen, kiinteä 2L+, leikkaus, RT, tukihoito) |
Klinikkalaisten työnkulku
Moottori valmistautuu kasvaintauluun, se ei korvaa sellaista.
1) verifies sources (every claim cited, guard already dropped uncited cells) →
2) Sulje Open Questions (tilauskokeet, puhelut) revise_plan) →
3) Sopeutuu potilaan hoitoon (annokset, tukihoito, alueellinen saatavuus) →
4) Keskustelut kasvaintaululla (MDT lyhyt – jäsennelty agenda). Moottori: luonnosta. Klinikka: finaali.
TaskTorrent – tarkista algoritmit tekoälysi poleteilla
Yksi ylläpitäjistä toimittaa päivityksiä automaattisella tarkastuksella ja lähteen jäljityksellä. Ulkoinen kliininen arviointi on valinnainen ja se kirjataan erikseen.
Ylläpitäjä julkaisee «chunk» - yhden itsenäisen tehtävän (noin 100k–300k kuponkia): «varmentaa BMA-todisteet DLBCL × 17 -yksiköille' tai «takaisintäyttölähdelisenssin 8 lähteelle'. Tekijä väittää, että tekoäly suorittaa, PR avaa.
Keinotekoinen tekoälytyökalu, jolla on rahallinen budjetti (Claude Code Pro+, Codex, Cursor, ChatGPT ja web). gh CLI. Python 3.10+ ~1-3 tuntia aikaasi. Kliinistä asiantuntemusta ei tarvita – käynnistät jäsennellyn luonnoksen; ylläpitäjä tarkistaa muutoksen; asiantuntijapalaute on vapaaehtoista.
Kopioi 8-rivinen pikavihje
CONTRIBUTOR_QUICKSTART.md
Se löytää mahdollisen osan, väittää, hoitaa työtä, pyörittää varmentajaa, avaa PR:n.
Ylläpitäjä tarkistaa lähteet, testit ja skeemat. Ulkoinen tarkastus on valinnainen. Yhdistä → sivuvaunulasku → ylöstulo isäntään KB → render. Nimeäminen tallennettu _contribution_meta.yaml.
Viimeaikainen toiminta
Over the last 4 days TaskTorrent saw 7 aaltoa, kymmeniä kappaleita, ~73 BMA-ehdokasta, 23 BMA:n luonnosta valmiina kliiniseen kuittaukseen, 53 lähdetupaa, 1,251 UA-kielikenttää. Viimeisimmät rakennepäivitykset:
- CIViC pivot – moottori + 29 BIO + 399 BMA YAML:ää siirtyi pois OncoKB-skeemalta; kuukausittainen tilannekuva päivittää CI:tä.
- Monivaiheiset hoidot (PR1-3) —
Regimen.phases,bridging_options, vaiheita-tietoinen render, taka-kompat auto-wrap. - Lainausvahti L3 - tarkista jokaisen BMA-solun aika.
- Kattavuusmatriisi — /diseases.html Taudintorjuntaharjoitus.
- 448 public examples in the gallery — valmis suunnitelma, diagnostiset ohjeet ja molekyyliskenaariot tarkistettavaksi ja varmennettavaksi.